Дорогие друзья, подскажите, возможно я пытаюсь добиться невозможного...

Создал карточку товара которая содержит комбинации атрибутов, например:
Карточка товара "тумбочка" содержит атрибуты
1. ширина 200 высота 300 глубина 200 цвет белый
2. ширина 200 высота 300 глубина 200 цвет черный
3. ширина 400 высота 300 глубина 200 цвет белый
Карточка товара "зеркало" содержит атрибуты
1. ширина 200 высота 400 глубина 15 цвет хром
2. ширина 200 высота 400 глубина 20 цвет хром
3. ширина 400 высота 400 глубина 15 цвет хром
4. ширина 400 высота 400 глубина 15 цвет белый

это всё как бы работает, отображается и т.д.

По мимо того, что получилось, нужно создать комплект из этих двух товаров. Для этого я захожу в Каталог -> Товары -> Добавить -> устанавливаю галочку "Набор имеющихся товаров добавляю пару товаров, называю, нажимаю сохранить. Пишет что сохранено, но по факту создается "Стандартный товар" без вложений.

Возможно, я требую невозможного? Может при наличии комбинаций атрибутов в престе отключается возможность создавать из них комбинации товаров?

Какие есть мысли?

Нет. Это стандартный функционал.

Возможно используются собственные доработки в ядре PrestaShop или установлен модуль меняющий свойства товара в процессе сохранения.

Переименуйте директорию /modules и попробуйте создать новый товар с вложенными товарами. Если не поможет смотрите контроллер AdminProductsController.php