Если посмотреть через firbug то у Вас так и должно быть, в самом файле, не в css а в tpl или js так и прописано

странно ничего не делал а работает, или уже меня глючит!

У вас былa проблема с autocomplite, который используется при мгновенном поиске. Вызываемая им ошибка блокировала выполнение других JS на странице. Вот категории и не работали. Сейчас мгновенный поиск отключен, вот все и работает.

Модуль Категории, не использовал js во всяком случае код меню был, однако его небыло видно, и это при выключенном мгновеном поиске и и включенной перекомпиляции. Но начал сам работать. Или я копал но забыл! И не могу вспомнить.