Прошу прощения за нубский вопрос, что значит конфигурация темы НЕ будет применена? Я так понимаю, тема либо установлена либо нет..

НЕТ. Посмотрите конфигурацию темы в config.xml той темы которую хотите установить. Там ВСЕ параметры, какой модуль поставить или отключить, в каком порядке и в каком хуке модули будут стоять и многое другое.

Есть еще вариант - установлена но неправильно :-).

Присоеденяюсь к тебе такая же проблема. Может кто посоветует шаблоны по 1.4.4 версию? они вообще есть или только платные. Что все на стандартом сидят что ли?

Как можно советовать шаблон, не зная, на какую тематику магазин?
Или вам лишь бы что, главное не стандартный?

В такой случае - Яндекс, Гугл.
Я именно там нашёл 3-4 подходящих для меня шаблона (по 1.4).
Правда, ВСЕ надо доделывать. 100% готовых и работоспособных из бесплатных я ещё не видел.

Ну у меня было по мелочи: цвета некоторых шрифтов "не в тему", отступ у некоторых кнопок сбит, некоторые объекты не на том месте.
80% проблем сводятся к правке стилей CSS, что не составляет особого труда.

Я всегда сам Theme делаю. Иногда и функционал подкручиваю, если заказчик требует.