Я сталкивался с подобной проблемой. Если дело действительно в ограничении времени выполнения скрипта смените его добавлением ini_set("max_execution_time", '900' ) или больше (900 - время время выполнения скрипта в секундах. Обычно оно выставляется на 60) например в файл index.html админки или файлах конфигурации. Сами скрипты оптимизировать возможно но это крайне сложно.
я вставила в файл config.inc.php то что вы посоветовали ini_set("max_execution_time", '900' ) после @ini_set('upload_max_filesize', '100M');
@ini_set('default_charset', 'utf-8');
может конечно и не туда, в любом случае не помогло, а index.html я в папке admin не нашла.