Алекс, файл php.ini искать здесь:
/var/www/santeh/data/www/сайт/cgi-bin/php.ini ?
Он пустой!
Только в начле этого топика туда включил
xcache.var_size = 100 Mb

Я правильно его нашел?
Если их там нет дописывать?
До какого значения увеличивать?

Алекс на сколько я понимаю из текста ошибки отсутсвует таблица!
Т.е. наверно нужно создавать таблицу!?

Т.е. переменные connect_timeout, wait_timeout и timeout_connect может не связаны с проблемой?

Если отсутствует таблица "ПРЕФИКС_shop_url" ИМ не будет загружаться.
Проверьте таблицу на наличие ошибок (она не может исчезнуть самостоятельно).


До этого по снимкам были совершенно другие проблемы (время выполнения запроса от модуля "pm_advancedsearch").

Удалял только файлы из папок,которые по моему мнению были логами о ошибках и увеличивали место на сервере! (после включения кэширования произошел значительный рост)
Мог я таким способом сломать или удалить эту таблицу? Или ее только через phpMyadmin можно было испортить?

Верно, только через phpMyAdmin.
Но удалить таблицу можно и посредством кода (например в модуле / коде), также таблица могла быть повреждена - запустите проверку базы данных ИМ.